1971 wurde der damals stark gefährdete Wanderfalke als erste Vogelart zum Vogel des Jahres gewählt. Daraus resultierten sehr viele Maßnahmen zum Schutz des Wanderfalken (wie das Artenhilfsprogramm Wanderfalke, Horstbetreuungen, Auswilderungsprogramme durch Zoos, Falknerei). Die Bestände konnten sich wieder deutlich erholen, sodass der Wanderfalke heute in Bayern nicht mehr auf der Roten Liste gefährdeter Arten steht.
Die Gründe für den Bestandsrückgang der Wanderfalken in Mitteleuropa waren direkte Verfolgung, Vergiftung, illegale Aushorstung und Fallenfang. Der flächige Einsatz des Pestizids DDT führte darüber hinaus dazu, dass der Bruterfolg bei vielen Greif-vögeln wegen zu dünner und zerbrechlicher Eierschalen ausblieb. 1978/79 war der Wanderfalke in Bayern mit unter 20 Brutpaaren fast ausgestorben, in Mittelfranken kam er gar nicht mehr vor (Wüst, W. (1982): Falco peregrinus. Avifauna Bavariae Bd. I).
Die aktuelle Bestandsschätzung für Bayern liegt gemäß der Roten Liste und Liste der Brutvögel Bayerns (2016) aktuell bei ca. 210-230 Brutpaaren. Der Großraum Nürnberg-Fürth-Erlangen stellt in Mittelfranken einen Wanderfalken-Hotspot dar. Insgesamt brüten etwa 12-18 Wanderfalkenpaare an Gebäuden. In Nürnberg waren es in den vergangenen Jahren durchschnittlich 6-8 Brutpaare.
Der Bruterfolg der Wanderfalken kann auch heutzutage noch durch menschliche Störungen (wie Klettersport) beeinträchtigt werden. Auch gibt es immer wieder Verluste durch natürliche Feinde wie den Uhu oder Marder. Zudem kann es zwischen Wanderfalken-Brutpaaren zu Revierkämpfen kommen. Das ist dann der Fall, wenn die Brutpaardichte zu hoch ist und die Reviergröße pro Wanderfalken-Brutpaar zu klein wäre.
Im Mittelalter erlebte die Falknerei in Europa ihre erste Blütezeit und Falken wurden als Beizvögel vom Adel und Klerus für die Jagd eingesetzt. "Beizen" ist eine alte Bezeichnung für beißen, da der Falke seine Beute meist durch einen Genickbiss mit dem Falkenzahn tötet. Heute setzen sich viele Falknerinnen und Falkner - neben der Ausübung der Beizjagd, Nachzucht und Öffentlichkeitsarbeit - für den Erhalt von Greifvogelarten und die Rehabilitation von kranken bzw. verletzten Greifvögeln ein. Verletzte Wanderfalken der Nürnberger Kaiserburg wurden von der Greifvogel-Auffangstation Hussong und dem Tiergarten Nürnberg untersucht, versorgt, gepflegt und sobald wie möglich wieder ausgewildert.
Seit über 100 Jahren werden Vögel systematisch beringt. Durch das Ablesen von Ringen werden wertvolle Informationen zu Herkunft, Wanderrouten, Verbreitung, Lebensdauer und Reproduktion der Wanderfalken gesammelt. Die gewonnenen Daten sind für wissenschaftliche Auswertungen und als wichtige Grundlage für Schutzmaßnahmen von Bedeutung. Auch unsere Wanderfalken-Jungvögel auf der Nürnberger Kaiserburg werden jedes Jahr beringt. Die Beringung läuft über die Vogelwarte Radolfzell nach den "Richtlinien zur Durchführung der wissenschaftlichen Vogelberingung". Erfahrene, mit einem Beringerschein zertifizierte Personen befestigen mit Hilfe einer speziellen Zange am rechten Bein einen Farbring (mit einer individuellen Buchstabenkombination) und am linken Bein einen Metallring (mit einer individuellen Nummer). Anhand der Ringe können wir die Jungvögel eindeutig u.a. am Brutplatz identifizieren.
Der Wanderfalke unterliegt sowohl dem Naturschutzrecht als auch dem Jagdrecht. Es gilt jedoch wie für die meisten Greifvögel ganzjährige Schonzeit. Der Wanderfalke ist sowohl eine streng als auch eine besonders geschützte Art. Dementsprechend gelten das Tötungsverbot, das Störungsverbot, das Verbot der Beschädigung von Fortpflanzungs- und Ruhestätten und die Besitz- und Vermarktungsverbote
(§ 44 BNatSchG). Die Haltung von Wanderfalken ist in Deutschland streng reglementiert und lediglich für Personen mit Falknerjagdschein (Jäger- und Falknerprüfung) gestattet. Überwiegend stammen die gehaltenen Greifvögel aus Falkennachzuchten oder sind verletzte Wildfalken. Aushorstungen (d.h. die Entnahme von Jungvögeln und Eiern aus dem Horst) von Wanderfalken für die Beizjagd ist in Deutschland grundsätzlich verboten.